Zarządzeniem Prezydenta Warszawy z dnia 11 lipca 2007 r. Muzeum uzyskało lokalizację w zabytkowych obiektach na terenie posesji przy ul. Targowej 50/52.

Kompleks trzech frontowych kamienic (z których jedna jest najstarszym murowanym domem mieszkalnym na Pradze), z usytuowaną na ich tyłach oficyną i niezwykłym w klimacie praskim podwórzem - stwarza szerokie możliwości działania przyszłej placówki kulturalnej. Jest też korzystnie położony przy głównym trakcie komunikacyjnym Pragi Adaptacja na cele muzealne zabytkowej zabudowy z unikatową modlitewnią w podwórzu, sąsiedztwo najstarszego czynnego targowiska w mieście (Bazaru Różyckiego) oraz innych rewitalizowanych obszarów praskich, sprawi że Muzeum Warszawskiej Pragi stanie się jedną z największych atrakcji turystycznych w skali całej Warszawy.